El vessant sud de l’Albera ha estat habitat des de la prehistòria, com indiquen les nombroses restes megalítiques. Aquest poblament va ser continuat, com demostra la necròpolis de la Verna, de l’edat del bronze. De restes romanes no n’hi ha, tot i que llegendàriament es diu que el general cartaginès Anníbal va travessar els Pirineus per Espolla. Més tardanes són les restes d’un castrum visigòtic al capdamunt del Castellar Gran.
El nom d’Espolla sembla que deriva d’un antropònim llatí: Podolia (pujol, turó), junt amb l’article del parlar salat es.
L’any 882 Spedolia era possessió del monestir de Sant Pere de Rodes. L’església de Sancti Jacobi de Spodilia figura al document de Carles el Calb (844) en el qual es confirma la possessió de la major part dels temples d’aquesta rodalia per part del monestir de Sant Quirze de Colera.
Les primeres dades de poblament daten del segle IX i X, amb la consagració de l’església de Sant Martí de Baussitges i la inclusió d’Espolla en l’acta de consagració de l’església del monestir de Sant Pere de Rodes. Durant l’edat mitjana i moderna va viure sent un punt estratègic de comunicació entre l’Empordà i el Rosselló a través del Coll de Banyuls, un pas que estalviava un parell de jornades si es feia el trajecte de Castelló d’Empúries a Elna. Quan la frontera va avançar fins a l’Albera encara es va fer més patent la seva posició de pas.
Espolla va gaudir d’un creixement econòmic generalitzat com a tota Catalunya durant els segles XVIII i XIX, per bé que va ser durant el segle XX que es va notar la transformació econòmica i social. A finals del segle XIX va exercir-hi com a mestre Antoni Balmanya i Ros, artífex de la creació de diferents entitats del poble, sobretot el Sindicat Agrícola que, temps a venir, es convertiria en el Celler Cooperatiu d’Espolla.
Durant la Guerra Civil, Espolla es va convertir de nou en lloc de pas, sobretot durant la retirada.
